Pada update tanggal 22-Maret-2011, Gili-SMS sudah dapat diproteksi menggunakan password. Untuk mengaktifkannya, jalankan menu File / Konfigurasi dibagian Kunci Program.
Setelah mengisi password, jangan lupa untuk menekan tombol Simpan. Untuk mengaktifkan mode proteksi cukup pilih menu Program / Kunci Program atau tekan tombol Ctrl+Alt+L pada dialog Gili-SMS.
Pada mode proteksi, jika ada SMS yang diterima, maka SMS akan masuk ke bagian Inbox(SMS Masuk), Gili-SMS tidak akan menampilkan dialog popup. Gili-SMS otomatis masuk ke mode proteksi saat pertama kali dijalankan jika diberikan password pada menu Konfigurasi.